Recouverte de tuiles, l’église est construite selon les systèmes habituels des grands bâtiments de la fin du XIXe siècle. Elle intègre des éléments gothiques et mudéjars, combinés à l’ornementation moderniste apportée par l’architecte Lluís Domènech i Montaner. Dans cette phase de restauration du Grand Séminaire de Comillas, tous les biens meubles de l’église ont été catalogués et déplacés : les stalles du presbytère et du chœur, les retables des nefs latérales, les confessionnaux, les autels des tribunes et le démontage des peintures sur toile qui recouvraient les chapelles, le presbytère, le chœur et la tribune. Des travaux ont également été réalisés pour réintégrer les traceries de l’abside, les oculi des nefs latérales et la rosace de la façade principale.